Chính phủ Việt Nam, qua các phát ngôn viên của Bộ ngoại giao và Đại sứ quán ở các nước liên quan, luôn phản đối các nỗ lực của những người vận động.[23][24] Theo chính phủ Việt Nam thì "Chiến dịch Cờ Vàng" là kế hoạch của thế lực phản động nhằm hâm nóng tinh thần chống Việt Nam trong cộng đồng người Việt hải ngoại.[25].Hoa Kỳ và Việt Nam nay đã thiết lập bang giao,việc treo cờ Việt Nam Cộng hòa bởi một chính quyền địa phương sẽ gây ra một huyền thoại về chủ quyền không đúng với thực tế hiện đại.[23]

Theo một bài bình luận trên Đài tiếng nói Việt Nam, việc các chính quyền địa phương đưa nghị quyết công nhận cờ vàng là do thiếu thông tin và do sự vận động, lôi kéo, xuyên tạc của những đối tượng thù địch với Việt Nam.[26]